jueves, 30 de junio de 2016

Comment on article “Short-term effect of puncture of Hegu point (LI 4) in the toothache in the field of emergencies in primary care”

Comentario al artículo “Efecto a corto plazo de la punción del punto Hegu (IG 4) en la odontalgia en el ámbito de las urgencias de atención primaria”

El artículo analizado se encuentra aquí

El comentario se publicó aquí   

En este caso los autores han preferido no responder al post-peer review de su artículo. En general hay problemas graves en el diseño del estudio y en el análisis de los datos aportados. Es un caso claro de lo que se denomina "sesgo de confirmación/confirmation bias". 



domingo, 24 de abril de 2016

La elección de la población de estudio en los ensayos clínicos: el ejemplo del alendronato.

Un reciente paper publicado en Calcified Tissues International ha puesto de manifiesto el problema de la elección de la población de estudio a la hora de poner en marcha un ensayo clínico.
Como sabéis todo ensayo clínico debe tener al menos dos grupos de estudio, uno que actuará como control y otro que actuará como grupo tratamiento. En el caso del alendronato, un fármaco que se utiliza para tratar la baja masa ósea (por ejemplo en casos de osteoporosis), el ensayo clínico podría tener un grupo control (tratado con otro fármaco distinto) y un grupo tratamiento en el que se utilizara el alendronato. Si seguimos a los participantes durante un tiempo y medimos la variación de la masa ósea desde el inicio del ensayo al final podremos saber si el fármaco funciona mejor o peor (o similar) al que estamos probando en el grupo control. Hasta la fecha los ensayos que se han puesto en marcha con alendronato indican que es un fármaco que funciona razonablemente bien. Sin embargo, en este diseño hay una cuestión que no hemos tenido en cuenta ¿Cuáles deben ser las características de las personas que participan en el estudio? Ahí surge el problema. Se puede montar el ensayo utilizando una población de estudio que sea muy diferente de la que va a utilizar después el fármaco en la vida real, en un ejemplo radical, supongamos que decidimos montar el ensayo con jóvenes de 25 a 30 años mientras que este fármaco está previsto que sea usado por adultos con edades superiores (generalmente) a los 50-55 años (cuando la masa ósea empieza a decaer). De esa forma, tienes bastantes posibilidades de que el ensayo clínico sea exitoso, esa población elegida probablemente (debido a su juventud) responda de manera más efectiva al fármaco.
Ahora pensar que se pueden elegir las poblaciones de estudio de nuestros ensayos con matices más sutiles, no con diferencias de edades tan radicales. Eso es lo que han puesto de manifiesto Reyes y colaboradores , y es que ellos han visto que los pacientes españoles o daneses que inician el tratamiento oral con alendronato tienen un perfil que no coincide con los incluidos en el ensayo clínico Fracture Intervention Trial (FIT) el primer ensayo clínico aleatorizado sobre la utilidad del alendronato. En la práctica solamente el 50% de los pacientes que toman este fármaco coinciden en características con los que fueron incluidos en el ensayo FIT y son, por tanto, en los que se sabe a ciencia cierta que el fármaco tiene una utilidad.
Un problema importante (al que hacía referencia anteriormente de manera muy exagerada) es que los pacientes ancianos son frecuentemente excluidos de los ensayos clínicos. Una revisión publicada en 2011 indicó que la mayoría de los ensayos clínicos excluyen a la población anciana ya sea de manera directa (exclusión por edad) o por la presencia de comorbilidades. La cuestión es que en el fármaco que nos atañe la población diana suele tener más de 80 años de edad (población diana para el tratamiento con bifosfonato) que es donde realmente se produce un aumento elevado del riesgo de fractura (por diferentes razones).

Lo que se pone de manifiesto es que la población final que se utilice en el estudio tiene que ser lo más semejante posible a la que sea diana del tratamiento de forma que se pueda predecir el efecto del mismo con la suficiente evidencia. En la práctica cuando esto no ocurre la validez externa del ensayo queda cuestionada. 

lunes, 18 de abril de 2016

Empezando con Pubmed Commons

Escribo sobre mi primera aportación a Pubmed Commons, la herramienta de Pubmed para poder compartir información sobre las publicaciones que aparecen en Pubmed. 

Según yo lo veo cuando se detectaran errores o se quisieran hacer comentarios o, solicitar información adicional sobre los datos publicados en un paper, el camino debería ser a través de una carta al editor. El problema viene cuando las revistas amparándose en el criterio de “recibimos muchas cartas y no podemos publicarlas todas” deciden no publicar la correspondencia recibida aunque pudiera afectar a las conclusiones alcanzadas en un paper. Ese caso ya ha sido reflejado en este blogen otra entrada en la que hacía referencia al paper de Evans y colaboradores publicado en la prestigiosa J Bone Miner Res. En ese caso, el editor decidió rechazar el comentario que hicimos a la publicación y nos argumentaba que seria conveniente que se lo hiciéramos llegar directamente a los autores.

En mi opinión eso tergiversa el fundamento propio del método científico que no es otro que la publicidad de los datos y la discusión derivada de ella. Así que he elaborado el comentario pertinente y he empezado a utilizar la herramienta Pubmed Commons, a la que a partir de ahora, remitiré todas las cartas que no sean aceptadas por las revistas correspondientes. Ahora mismo, el comentario remitido figura como “Selected recent comments” y fue enviado hace 3 días. Se puede consultar en este enlace. 



El comentario como tal puede consultarse aqui

En general la utilidad me parece interesante porque cada vez que consultas el artículo aparece ligado al comentario, y antes incluso del título ya te avisa de que ese artículo en particular tiene un comentario de algún autor. 



sábado, 9 de enero de 2016

Una crítica no muy amable de la homeopatía...

Fuente: A Not-So-Gentle Refutation of the Defence of Homeopathy. Jakub Zawiła-Niedźwiecki , Jacek Olender. Journal of Bioethical Inquiry pp 1-5 First online: 05 January 2016


Empezamos el año 2016 leyendo con satisfacción el artículo de Zawiła-Niedźwiecki y Olender en el Journal of Bioethical Inquiry. El acceso al mismo es gratuito y como no puede ser de otra forma recomiendo su lectura. Básicamente se trata de una respuesta al artículo publicado previamente por Levy, Gadd,
Kerridge, y Komesaroff en la misma revista (Journal of Bioethical Inquiry 12(2): 203–209; en este caso la lectura no es gratuita). El artículo de Zawiła-Niedźwiecki y Olender viene a poner de manifiesto las cuestiones que no por sabidas tienen que ser repetidas una y otra vez. 

Si los defensores de la homeopatía pretenden que esta sea considerada como una terapia médica, se la deberían aplicar los mismos estándares que se aplican a las demás terapias utilizadas en medicina, vamos que las reglas del juego tendrían que ser las mismas para todos. Un buen punto de partida sería que exactamente igual que ocurre con el resto de terapias farmacológicas o no utilizadas en medicina estas se basen en la mejor evidencia científica posible (en el caso de la homeopatía lo tienen complicado porque no existe). 

miércoles, 18 de noviembre de 2015

Te lo cuestionas todo...

Uno de los pilares básicos del método científico es que cuentes como haces las cosas para que los demás investigadores puedan replicar tu experimento. De esa forma se verifica si se llega a las mismas conclusiones (o no) y el cuerpo del conocimiento entorno al tema de la investigación va creciendo.

A mi personalmente me pone los pelos de punta cada vez que leo un artículo y encuentro incoherencias entre lo expuesto en la metodología y los resultados planteados. Reconozco que en la mayoría de las casos se debe a que los investigadores podemos hacer "corta-pega" de otros artículos en los que hemos usado metodologías semejantes, pero la existencia de esas incoherencias nunca se le debería pasar a un revisor y mucho menos a uno de una revista de primer cuartíl. Antes de avanzar y para ahondar sobre hacia donde vamos con la evolución del proceso peer review es tremendamente interesante la visión y explicación que sobre el mismo se dá en el Blog "La Ciencia de la Mula Francis" (El gran problema de la revisión por pares: La falta de revisores). 

Bien, sigo con el tema, he leído con atención el paper de Amy L. Evans y colaboradores publicado en el Journal of Bone and Mineral Research (Bone Density, Microstructure and Strength in Obese and Normal Weight Men and Women in Younger and Older Adulthood; Journal of Bone and Mineral Research Volume 30, Issue 5, pages 920–928, May 2015). El tema de la investigación no viene a cuento, digamos que está relacionado con mi campo de investigación y de ahí viene el interés. Se trata de un estudio en el que se han comparado diferentes parámetros óseos entre dos grupos de mujeres y hombres emparejados (paired). Los investigadores han cogido sujetos y los han emparejado para ver como se diferenciaban en unos parámetros de interés. Este emparejamiento se realizó en base a una serie de características para minimizar los sesgos y que por tanto las diferencias fueran debidas a las variables que les interesaban a los investigadores. Las variables de control fueron según el paper: género, edad (más/menos 3 años), altura (más/menos 5 cm), código postal y hábito tabáquico (fumador o no fumador). Es decir se crearon dos grupos y cada elemento del grupo 1 tiene una pareja del grupo 2 con la que coincide en género, edad (más/menos 3 años), altura (más/menos 5 cm), código postal y hábito tabáquico (fumador o no fumador). Esta distribución se llevó a cabo con todos los participantes en un ratio 1:1. 

La sorpresa vienen cuando en la tabla 1 del artículo se indica que en todas las comparaciones (menos en una) la frecuencia de fumadores y no fumadores fue diferente entre grupos. A ver, si los investigadores cogen un fumador para el grupo 1, según su metodología deben incorporar un fumador al grupo 2, y si cogen un no fumador para el grupo 1 deberán incorporar un no fumador para el grupo 2, lógicamente si la frecuencia de fumadores y no fumadores (tabla 1 del artículo) no es la misma entre grupos significa una de dos cosas: o que la metodología utilizada no está bien descrita y que por tanto el criterio de fumador/no fumador no se utilizó para formar las parejas (¿entonces porque lo pones?) o, que el análisis estadístico está mal hecho, porque los participantes se han distribuido de forma errónea entre los grupos. Esta segunda opción nos lleva a la inquietante hipótesis de que pudiera ser que todo el análisis que se presenta en el paper pudiera ser erróneo. Recordemos que estamos hablando de una revista de primer cuartil, índice de impacto 6.832. 

Desde mi punto de vista existen indicios en el trabajo que llevan a pensar que puede existir algún tipo de error en los cálculos aplicados, pero reconozco que mi análisis sobre la pertinencia de los métodos estadísticos utilizados en el paper puede ser cuestionado. En cualquier caso, el error metodológico me parece incuestionable y como tal se lo hice saber a la editora de la revista. esta fue su respuesta. 

(...) "Overall it was felt that the issues raised were not sufficiently substantive to warrant publication of your letter, but we would encourage you to share your concerns with the authors of the paper in question through direct communication with them if you wish to pursue the matter.

Como digo entiendo que mi análisis estadístico del los datos presentados pueda ser cuestionado, pero no entiendo muy bien como la editora pasa de puntillas por el error metodológico. Siguiendo sus instrucciones me puse en contacto con los autores del trabajo, les comuniqué mis observaciones y esta fue su respuesta:

Hi Jose,

Thanks for your interest in our paper. 
We didn't quite achieve perfect matching- so we used a hierarchy of importance of the matching criteria- gender, then age, then height, then postcode, then smoking. Therefore there were a few pairs who weren't matched for smoking, but the number of smokers overall was quite low so we don't think this had any significant effect on the results of the study. 

Es de agradecer que respondieran rápidamente, por otra parte la respuesta era esperada "didn't quite achieve perfect matching" .... eso no es lo que pone en el paper.... en el paper pone el emparejamiento fue 1:1... si no fue así (que es comprensible por muchisimas razones) pues hay que ponerlo, pero desde luego queda mucho mejor decir que todo lo hiciste perfectísimo y así quedará para la eternidad si nadie te saca los colores y, luego la parte mejor "we don't think this had any significant effect".

Frase mítica para incluir en la sección "ahí queda mi ciencia" ¿como que no creemos que haya ningún efecto significativo? ¿y para que se inventó la estadística? o hay o no hay. ¿El análisis estadístico presentado en el trabajo se hizo contando la variable fumador/no fumador como controlada o no?, ¿el análisis se hizo pensando que estaba controlada pero realmente no lo estaba? en mi opinión los test estadísticos apropiados pueden variar en un caso o en otro. Bien es cierto que el resultado final puede que no difiera del presentado en el paper pero es nuestra labor intentar hacer las cosas lo mejor posible. 








jueves, 16 de enero de 2014

¿Que pasa con los revisores?

Tras leer el paper de Sanfélix-Genovés en la revista Osteoporosis International (JCR Q2 IF:4.609) encontramos que existen errores mayores en los datos presentados por los autores. Los errores son irrefutables, afortunadamente contrastables ya que los autores facilitan datos suficientes para ello en un anexo. Como resultado del análisis remitimos una carta al editor que fue rápidamente publicada.

Los autores y el editor agradecieron la información y publicaron 4 nuevas tablas con los datos corregidos. 

La pregunta que debemos formularnos es ¿Cómo pudo pasar esto? ¿Qué pasó en el proceso peer review?, ¿Que conclusiones debemos extraer para el resto de revistas si Osteoporosis International es una revista de referencia en el área de investigación en Metabolismo Óseo?